少林寺下屬分為十個(gè)堂院：羅漢堂，般若堂，菩提院，戒律院，證道院，懺悔堂，藥王院，舍利院，藏經(jīng)閣，達(dá)摩院。古代有36個(gè)堂口。
?。?）羅漢堂。這是大多數(shù)少林弟子習(xí)武修行的地方。羅漢堂主要專(zhuān)研拳、棍、陣法等，羅漢堂首座應(yīng)是達(dá)摩院八大高僧中拳法最高的一位。
（2）般若堂。般若堂主要專(zhuān)研掌法、抓法等。般若堂首座應(yīng)是達(dá)摩院中掌法和內(nèi)功最高的一位。
?。?）菩提院。菩提院主要專(zhuān)研刀法和各類(lèi)特殊兵器、武功。菩提院首座應(yīng)是達(dá)摩院中刀法和佛法最高的一位。
?。?）戒律院。戒律院是懲罰犯戒弟子的地方。主要修習(xí)的是諸般擒拿手和普門(mén)杖法。院中弟子有兩大職能，即持戒和守律。持戒僧的職責(zé)是降服犯戒弟子，就好比警察的職責(zé)是拘捕犯人歸案。守律僧的職責(zé)是位犯戒弟子定刑和宣揚(yáng)本寺律法，就好比法官的職責(zé)是給犯人判刑并執(zhí)行法律。這也決定了該院的武功是以擒拿為主，殺傷力并不大。但是戒律院首座的武功是達(dá)摩院中擒拿功夫最高的，凡是少林弟子，不論武功多高，只要沒(méi)有習(xí)過(guò)擒拿手法，不懂得如何破解擒拿手，必會(huì)被戒律院僧人所擒伏。
（5）證道院。證道院是少林高僧修行佛法的地方，凡是能入證道院，一定是在佛法上有了相當(dāng)?shù)脑煸?。證道院不傳武功，只傳佛法。院門(mén)前的對(duì)聯(lián)是：“佛門(mén)廣大，普渡眾生?！?/p>
?。?）懺悔堂。懺悔堂是給犯戒弟子關(guān)禁閉的地方。該堂弟子必須是嚴(yán)守本寺戒律的，武功在戒律院中屬中游水平的，他的職能好比監(jiān)獄的看守。懺悔堂門(mén)前的對(duì)聯(lián)是：“苦海無(wú)邊，回頭是岸?！?/p>
?。?）藥王院。藥王院主要研究少林寺的傳統(tǒng)醫(yī)術(shù)，藥王院首座是全寺最精通醫(yī)道的高僧，他的職能是為受傷的少林弟子治療。
（8）舍利院。舍利院是超度圓寂高僧亡魂的地方。凡是寺中有道高僧，死后都將進(jìn)入舍利院火化，然后將其骨灰藏于寺后塔林之中。舍利院弟子還兼負(fù)全寺的清掃等勤雜事務(wù)，因此院中弟子大都武功低微。舍利院只有一種武功，那就是“鐵帚功”。正因?yàn)樯崂翰粋魑涔Γ栽褐械茏又荒芸康礁髟焊苫顣r(shí)看見(jiàn)的一些招式來(lái)自己練習(xí)。所以一旦有天資和悟性極高的弟子，往往武功能夠自僻蹊徑。
（9）藏經(jīng)閣。藏經(jīng)閣擁有全寺所有的武學(xué)秘笈和佛學(xué)經(jīng)典。藏經(jīng)閣弟子的主要職能是在閣外看守經(jīng)樓。每日只有一次機(jī)會(huì)進(jìn)入藏經(jīng)閣，那就是做日常的清潔和書(shū)籍整理工作。藏經(jīng)閣弟子武功不高，但大多是寺里輕功出類(lèi)拔萃的弟子。又由于能每日接觸浩如煙海的武學(xué)書(shū)籍，因此只有天資極高的弟子能夠自習(xí)成材。藏經(jīng)閣首座是寺里資格最老的僧人，并且不會(huì)武功，這就決定了藏經(jīng)閣是不傳武功的。但是舍利院和藏經(jīng)閣卻往往是寺中隱藏高手的地方。
（10）達(dá)摩院。進(jìn)入達(dá)摩院是寺中武僧的最高榮譽(yù)。達(dá)摩院只有八個(gè)席位，集中了全寺武功最高的八位大師，主要研究本派最精奧的武學(xué)。
（11）永化堂。到了明朝，少林曹洞宗師無(wú)言正道受皇帝親自封為當(dāng)時(shí)少林寺住持，并創(chuàng)立了少林寺永化堂。無(wú)言正道(1547-1623年)，江西洪都人，俗姓胡，生于明嘉靖丁未年，他佛法精湛，醫(yī)術(shù)高明，享有很高的社會(huì)地位。萬(wàn)歷年間，初到少林寺拜幻休為師。在幻休數(shù)百名弟子當(dāng)中，正道大師最出色，深得幻休真?zhèn)?，為幻休的最得意弟子。在幻休圓寂后，正道大師被登封懸令及寺院僧眾推舉為少林寺住持。明代萬(wàn)歷二十年，道公受皇封為欽命少林曹洞正宗第二十六代少林寺住持。當(dāng)時(shí)正道大師有八位王子隨他出家，分別為圓寶、圓會(huì)、圓林、圓性、圓壐、圓明、圓亮及圓普。當(dāng)中以圓會(huì)及圓寶兩支傳承最廣。而隨這八大弟子到少林寺的還有太醫(yī)、御醫(yī)、賢仕才子及武功高強(qiáng)者。這些大德薈萃在少林寺，漸漸形成了少林寺的禪武醫(yī)文化及修行方法。道公主持少林寺三十一年，重修寺院，整頓寺風(fēng)，提倡禪學(xué)，他不但是少林寺住持，還是當(dāng)時(shí)北方禪宗的首領(lǐng)，被稱(chēng)譽(yù)為“僧中之杰”。在道公任住持期間，少林禪學(xué)、武學(xué)、醫(yī)學(xué)得到空前的發(fā)展，也是少林寺永化堂禪武醫(yī)發(fā)展最輝煌的時(shí)刻。而少林寺永化堂的傳承由明初－直傳承到清末，持續(xù)興盛發(fā)展。
